ไมโครไบโอมในระบบทางเดินอาหาร คือ จุลินทรีย์ที่อาศัยอยู่ภายในระบบทางเดินอาหาร ไม่ว่าจะเป็น แบคทีเรีย เชื้อรา และไวรัสต่าง ๆ ซึ่งความสมดุลของไมโครไบโอมในระบบทางเดินอาหารนั้น ส่งผลต่อร่างกายของเราอย่างมากเลยทีเดียว